Muchas variantes del genoma humano se han relacionado con la diabetes tipo 2, pero debido a que la mayoría no se encuentra dentro de los genes que codifican proteínas, no está claro cómo pueden causar la enfermedad. Ahora, un equipo internacional, en el que participan investigadores del grupo del CIBERDEM que lidera Jorge Ferrer en el Centro de Regulación Genómica (CRG), ha desarrollado ha desarrollado un nuevo recurso científico que permitirá analizar cómo las variantes genéticas en las células pancreáticas que mantiene la homeostasis de la glucosa pueden tener un papel central en la etiología de la diabetes tipo 2.
Se sabe que las anomalías en los islotes pancreáticos – cúmulos de células del páncreas que producen y liberan hormonas que regulan los niveles de glucosa en sangre – tienen un papel central en el desarrollo de diabetes tipo 2. Sin embargo, la dificultad que supone obtener muestras de islotes humanos ha dificultado el avance del conocimiento en esta línea. Este nuevo trabajo, que ha sido publicado en Cell Reports, ha tratado de superar este obstáculo y es fruto del trabajo conjunto de científicos de España, Bélgica, Italia, Suecia, Finlandia, el Reino Unido y los EE. UU. que se unieron para obtener más de 500 muestras de islotes humanos de pacientes con y sin diabetes tipo 2 y para extraer datos genómicos y de expresión génica de estas muestras.
La investigación requirió recopilar y examinar una enorme cantidad de información, lo que fue posible gracias al uso de recursos de supercomputación y nuevos métodos estadísticos. Para ello, los investigadores crearon un recurso científico llamado TIGER (Translational human pancreatic Islet Genotype tissue-Expression Resource).
Los análisis de TIGER revelaron que ciertas variantes genéticas en islotes de pacientes con diabetes tipo 2 controlan la expresión de genes particulares. Hasta ahora, se identificaron 32 genes nuevos que pueden contribuir al riesgo de diabetes tipo 2.
"Este recurso será muy útil para identificar genes que pueden estar relacionados con las variantes genéticas que hemos encontrado asociadas con la diabetes tipo 2", dice el coautor principal Josep M. Mercader, investigador de la Unidad de Diabetes y Centro de Medicina Genómica del Hospital General de Massachusetts. "Conocer el gen detrás de una determinada asociación genética es el primer paso para identificar posibles dianas farmacológicas o para comprender mejor la fisiología de los diferentes tipos de diabetes".
Los datos de TIGER están disponibles públicamente y son accesibles para la comunidad de investigación en diabetes a través del portal web TIGER. "Estamos orgullosos de poder compartir esta gran cantidad de datos con la comunidad científica de una manera fácilmente accesible para todos los investigadores en el campo de la diabetes tipo 2, sin la necesidad de conocimientos informáticos o bioinformáticos", dice la coautora principal Lorena Alonso, del Barcelona Supercomputing Center (BSC), uno de los desarrolladores del portal TIGER.
Artículo de referencia:
Lorena Alonso et al. TIGER: The gene expression regulatory variation landscape of human pancreatic islets. Cell Reports, 2021 DOI: 10.1016/j.celrep.2021.109807
