Helicobacter pylori ha infectado al ser humano desde hace 58000 años. La infección está relacionada con una morbilidad y mortalidad muy alta debido a úlceras pépticas sangrantes y al adenocarcinoma gástrico. La colonización de la mucosa gástrica por este microrganismo durante un largo periodo de tiempo es el origen a la gastritis crónica. Esta gastritis crónica puede progresar hacia atrofia, metaplasia intestinal, displasia y, finalmente cáncer gástrico. Este proceso se conoce como la cascada de Correa. La atrofia y la metaplasia intestinal se consideran lesiones precursoras del cáncer gástrico. Los mecanismos de progresión desde gastritis crónica hasta adenocarcinoma son un tema de intensa investigación.
Un grupo de investigadores liderado por Xavier Calvet, investigador principal del CIBEREHD en el Servicio de Digestivo del Hospital Universitario Parc Taulí de Sabadell, han aplicado un método de biología de sistemas a datos de expresión génica derivados de muestras de pacientes dispépticos. Este análisis permite describir patrones de correlación entre genes, agruparlos en módulos de coexpresión y asociarlos a los pasos de la cascada de Correa (descritos acontinuación).
Concretamente, se ha realizado un análisis de redes ponderadas de coexpresión génica (WGCNA, de sus siglas en inglés) y ha revelado la presencia de 20 módulos de RNAs codificantes, 4 de microRNAs y 4 small-RNAs. Algunos de estos módulos, que contienen entre decenas y centenares de genes, se asociaron a la presencia de gastritis crónica y de metaplasia intestinal. Específicamente, tres de estos módulos correlacionaron positivamente con el progreso en la cascada de Correa y cuatro negativamente.
Sergio Lario, responsable del análisis de coexpresión comenta: “WGCNA no solo permite determinar los módulos de coexpresión. Identifica también los genes hub, los más interconectados dentro de cada módulo, y los drivers, que son aquellos que, además de ser hub, se asocian a los fenotipos de interés, como la metaplasia intestinal.”
Tal y como lo explican los autores, la investigación de estos módulos, hubs y drivers en pacientes con lesiones precursoras podría ser de utilidad para determinar nuevos mecanismos y marcadores de progreso en la cascada carcinogénica del cáncer gástrico.
Este estudio, financiado por el Instituto de Salud Carlos III, se ha publicado recientemente en la revista Genomics, y ha contado con la participación de María José Ramírez-Lázaro (CIBERehd y coautora del estudio), Anna Brunet-Vega del Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT), Ana M Aransay (CIC bioGUNE), Juanjo Lozano y Maria Vila-Casadesús de la plataforma de Bioinformática del CIBEREHD.
Referencia del artículo:
Lario S, Ramírez-Lázaro MJ, Brunet-Vega A, Vila-Casadesús M, Aransay AM, Lozano JJ, Calvet X. Coding and non-coding co-expression network analysis identifies key modules and driver genes associated with precursor lesions of gastric cancer. Genomics. 2022 Apr 14:110370. doi: 10.1016/j.ygeno.2022.110370.
