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Bioinformática
La plataforma de Bioinformática está colaborando activamente al funcionamiento de este CIBER tal como reflejan las 17 publicaciones, como fruto de su soporte, durante el año 2016. Especial atención la contribución en las áreas del cáncer de colon, concretamente 4 artículos de alto impacto en estrecha colaboración con el grupo liderado por el Dr. Antoni Castells (G0016) consorciado con instituciones nacionales (3) e internacionales (1). Dos importantes publicaciones provenientes del análisis bioinformático proveniente de secuenciación masiva son:
• The Fanconi anemia DNA damage repair pathway in the spotlight for germline predisposition to colorectal cancer. Esteban-Jurado C, Franch-Expósito S, Muñoz J, Ocaña T, Carballal S, López-Cerón M, Cuatrecasas M, Vila-Casadesús M, Lozano JJ, Serra E, Beltran S, Brea-Fernández A, Ruiz-Ponte C, Castells A, Bujanda L, Garre P, Caldés T, Cubiella J, Balaguer F, Castellví-Bel S.Eur J Hum Genet. 2016 Oct;24(10):1501-5. doi: 10.1038/ejhg.2016.44. Epub 2016 May 11.
• MicroRNAs for Detection of Pancreatic Neoplasia: Biomarker Discovery by Next-generation Sequencing and Validation in 2 Independent Cohorts. Vila-Navarro E, Vila-Casadesús M, Moreira L, Duran-Sanchon S, Sinha R, Ginés À, Fernández-Esparrach G, Miquel R, Cuatrecasas M, Castells A, Lozano JJ, Gironella M. Ann Surg. 2016.May 26. [Epub ahead of print].
Cabe destacar que un proyecto financiando del Dr. Francesc Balaguer como Investigador principal, formando la plataforma como equipo investigador, cuyo título es Análisis del defecto de campo mediado por metilación aberrante del ADN en el síndrome de poliposis serrada será financiado por el Instituto de Salud Caros III en las tres próximos tres anualidades.
En el área de la investigación en hepatitis alcohólica nuestra plataforma ha colaborado con el equipo investigador del Dr. Pau Sancho para el descubrimiento de un importante biomarcador microrna involucrado.
• Integrative microRNA profiling in alcoholic hepatitis reveals a role for microRNA-182 in liver injury and inflammation. Blaya D, Coll M, Rodrigo-Torres D, Vila-Casadesús M, Altamirano J, Llopis M, Graupera I, Perea L, Aguilar-Bravo B, Díaz A, Banales JM, Clària J, Lozano JJ, Bataller R, Caballería J, Ginès P, Sancho-Bru P. Gut. 2016 Sep;65(9):1535-45.
En la misma área se ha logrado descubrir un nuevo marcador (KRT23) de la hepatitis alcohólica tras una colaboración internacional, liderada por el Dr. Ramón Bataller.
• LPS-TLR4 Pathway Mediates Ductular Cell Expansion in Alcoholic Hepatitis. Odena G, Chen J, Lozano JJ, Altamirano J, Rodrigo-Torres D, Affo S, Morales-Ibanez O, Matsushita H, Zou J, Dumitru R, Caballeria J, Gines P, Arroyo V, You M, Rautou PE, Valla D, Crews F, Seki E, Sancho-Bru P, Bataller R.Sci Rep. 2016 Oct 18;6:35610.
En el área de hemodinámica hepática se ha colaborado y publicado en dos revistas de primer cuartil. Primero una herramienta de diagnóstico para hipertensión portal idiopática y también describiendo el papel del fármaco simvastatina en un modelo de cirrosis biliar.
Finalmente, indicar que nuestra plataforma ha colaborado, ofreciendo servicio, a grupos no afiliados al CIBEREHD (Dr. Antonio Alcaraz) que se han traducido en varias publicaciones de primer cuartil. A nivel interno nuestro pequeño grupo ha desarrollado y publicado una nueva herramienta bioinformática (MIRComb) para estudiar interacciones entre microrna y sus genes diana.
• MiRComb: An R Package to Analyse miRNA-mRNA Interactions. Examples across Five Digestive Cancers. Vila-Casadesús M, Gironella M, Lozano JJ.PLoS One. 2016 Mar 11;11(3):e0151127.
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